Sekanslama Hizmetleri



Fiyatlar ve sipariş koşulları.

Fiyat Tablosu
  Fiyat (€) 500lük toplu alım ile 1000lik toplu alım ile
Sanger ile Plazmit Sekanslama 6,99 € 5,99 € 4,99 €
Sanger ile PCR ürünü Sekanslama 6,99 € 5,99 € 4,99 €
NGS ile Plazmit Sekanslama (max: 50 kb) 19,99 €    
NGS ile PCR ürünü Sekanslama (max: 50 kb) 19,99 €    
PCR ürün Saflaştırma 1 €    
  • NGS hizmeti PGM Ion Torrent™ ve Illumina MiSeq™ ile verilmektedir.
  • Diğer NGS hizmetleri (RNASeq, WGS vb.) proje bazlı yapılmaktadır. Bunlar için bizimle irtibata geçiniz.

Sekans sipariş formu

Sanger Sekanslama Yönergesi

Sanger sekanslama hizmetinde tek yönlü 500 bp okuma garantisi verilmektedir. Örneklerin ve primerlerin aşağıdaki kriterlere uyması durumunda sonuç alınamayan örnekler garanti kapsamında tekrarlanmaktadır. Aşağıdaki kriterleri sağlamayan örnekler garanti kapsamında tekrara alınmamaktadır.


Örnek hazırlama:

  • Sanger sekanslamada kaliteli bir sonuç alabilmek için örnek kalitesi ve konsantrasyonu çok önemlidir.
1. Plazmid DNA
Plazmid örneklerinin hazırlanmasında dikkat edilmesi gerekenler aşağıda sıralanmıştır:
  • Plazmid ve sekans primerleri su ile çözülerek hazırlanmalıdır. Plazmid bir tampon çözelti ile çözülecekse tampon çözeltide EDTA ve yoğun tuz konsantrasyonu olmamasına dikkat edilmelidir. EDTA ve çok yoğun tuz çözeltileri sekans reaksiyonunu inhibe etmektedir. Bazı ticari plazmid izolasyon kitlerindeki ‘elution buffer’ içeriğinde EDTA bulunmaktadır. Bu kitler kullanılacaksa son aşamada elüsyon DNaz RNaz içermeyen saf su ile yapılmalıdır.
  • Plazmid izolasyonu sırasında yapılan yıkamalardan sonra DNA’da ethanol kontaminasyonu kalmamasına özellikle dikkat edilmelidir. Bunun için yıkama sonrası kolon boş bir şekilde 2 dk santrifüj edilmeli, kolondaki filtrenin tamamen kuru olduğundan emin olunduktan sonra elüsyon aşamasına geçilmelidir. Ethanol sekans reaksiyonunu inhibe etmektedir. Aşağıdaki durumlar örnekte ethanol kontaminasyonunu işaret etmektedir:
    • A 260/230 değerleri 1.8’in altında olması
    • Örnekte yoğun bir ethanol kokusu
    • Agaroz jel elektroforezi için yükleme yapılırken örneğin kuyucukta kalmayarak yukarıya doğru hareketi.
  • Plazmid izolasyonu ve saklanmasında kullanılan tüm plastik sarf malzemeler ve su DNaz RNaz içermeyen ürünlerden seçilmelidir.
  • Plazmid konsantrasyonu en az 80 ng/µl olmalı ve en az 10 µl olacak şekilde gönderilmelidir.
  • A 260/280 ve A 260/230 değerleri 1.8-2.0 aralığında olmalıdır.

2. PCR ürünü
PCR örneklerinin hazırlanmasında dikkat edilmesi gerekenler aşağıda sıralanmıştır:
  • PCR ürünleri sekans öncesi mutlaka saflaştırılmalıdır. PCR tamponunda bulunan yoğun tuz çözeltisi sekans reaksiyonunu inhibe etmekte ve primerler ve kısa PCR ürünleri karışık kromotagromlara sebep olmaktadır. Saflaştırma araştırmacı tarafından yapılmadıysa sekans formunda saflaştırma isteği mutlaka belirtilmelidir.
  • Jel ektraksiyon yöntemi ile saflaştırma yapılacaksa DNA’nın UV maruziyeti birkaç saniyeyi geçmemelidir. Aksi takdirde DNA’da oluşacak hasarlar sekans sonucunu da etkileyecektir.
  • Saflaştırma jel ekstraksiyon yöntem ile yapıldıysa DNA’da ethanol kontaminasyonu kalmamasına özellikle dikkat edilmelidir. Bunun için yıkama sonrası kolon boş bir şekilde 2 dk santrifüj edilmeli, kolondaki filtrenin tamamen kuru olduğundan emin olunduktan sonra elüsyon aşamasına geçilmelidir. Ethanol sekans reaksiyonunu inhibe etmektedir. Aşağıdaki durumlar örnekte ethanol kontaminasyonunu işaret etmektedir:
    • A 260/230 değerleri 1.8’in altında olması
    • Örnekte yoğun bir ethanol kokusu
    • Agaroz jel elektroforezi için yükleme yapılırken örneğin kuyucukta kalmayarak yukarıya doğru hareketi.
  • PCR ürünü eldesi ve saklanmasında kullanılan tüm plastik sarf malzemeler ve su DNaz RNaz içermeyen ürünlerden seçilmelidir.
  • PCR ürünü agaroz jel elektroforezinde mutlaka tek band olarak görülmelidir. Ekstra bandlar ve arka plandaki smear görünümüne sahip örnekler sekans sonucunda karışık kromatogramlara neden olmaktadır. Jel görüntüsü sekans formu ile birlikte gönderilmelidir.
  • Saflaştırılmış PCR ürünü konsantrasyonu en az 30 ng/µl olmalı ve en az 10 µl olacak şekilde gönderilmelidir.
  • PCR ürünün boyu (bp) sekans formunda mutlaka belirtilmelidir.

Sekans Primerleri
Primer kalitesi ve konsantrasyonu sekans kalitesini etkilemektedir. Bu nedenle gönderilen primerler aşağıdaki şartları sağlamalıdır:
  • Sekanslama için kullanılacak primerlerin uzunlukları 25 bazdan fazla olmamalıdır. Daha uzun primerlerle sekanslama yapılacaksa HPLC ya da OPC ile saflaştırılmış primerler kullanılmalıdır.
  • Primerlerin hedef DNA’da okunması istenen bölgeden en az 100 bp geriye bağlandığından emin olunmalıdır. Sanger sekanslamada ilk 80-100 bp’lik bölgeden güvenilir sonuç alınamamaktadır.
  • Primer konsantrasyonu 5/10 µM olacak şekilde hazırlanılmalı, en az 10 µl olacak şekilde gönderilmeli ve formda konsantrasyon doğru bir şekilde belirtilmelidir.
  • Primer hazırlanması ve saklanmasında kullanılan tüm plastik sarf malzemeleri ve su DNaz RNaz içermeyen ürünlerden seçilmelidir. EDTA içeren tampon çözeltiler (TE buffer gibi) kullanılmamalıdır.
  • Aşağıda listelenen universal primerler stoklarımızda bulunmakta, ekstra ücret talep edilmeden sekans reaksiyonlarında kullanılmaktadır:
    • 16s rRNA F
    • 16s rRNA R
    • M13 F (-41)
    • M13 R (-48)
    • T7 Promoter
    • T7 Terminator

Örnek Gönderme Koşulları:
Ankara içindeki örnekleriniz tarafımızca teslim alınır. Diğer illerden kargo ile gönderimde aşağıdaki hususlara dikkat edilmesi gerekmektedir:
  • Tüm örnekler ve primerler ayrı ayrı PCR tüpleri içerisinde ağızları parafilmle kapatılarak 15 ml / 50 ml falkon tüpler içerisinde pamuk vb ile sabitlenerek gönderilmelidir.
  • Sızıntı, örnek buharlaşması ve çapraz-kuyu bulaşması gibi numunelerin doğru şekilde hazırlanamaması veya sevkiyat sırasında oluşabilecek problemlerden Sentegen sorumlu değildir.
  • Soğuk zincire gerek yoktur.
  • Gönderilen örnekler tarafımızca bir ay saklanabilmektedir. Daha uzun süreli saklanması konusunda bir talebiniz var ise lütfen belirtiniz.

Sekans Formunun Doldurulması:
  • Sekans formundaki tüm bölümler doğru bir şekilde doldurulmalıdır.
  • Formda belirtilen örnek ve primer isimleri tüplerin üzerindeki isimler ile tutarlı olmalıdır.
  • Çift yönlü ya da daha fazla primer ile sekanslama durumunda numuneler ayrı satırlara farklı primer isimleri ile girilmelidir.



Yeni Nesil Sekanslama (Next Generation Sequencing, NGS) Yönergesi

Örnek hazırlama:
  • NGS sekanslama için DNA konsantrasyonu 50 ng/μL olacak şekilde ayarlanmalı ve en az 10 μL olarak iletilmelidir.
  • NGS sekanslamada primere ihtiyaç duyulmamaktadır.
  • NGS sekanslama için hedef DNA dizisi FASTA formatında veya NCBI kodu olarak gönderilmeli, örnek boyu sekans formunda belirtilmelidir.
  • Sekanslanacak olan örnek insan DNA’sı ise tarafımıza ayrıca bilgi verilmelidir.
  • Gönderilen örnekler tarafımızca bir ay saklanabilmektedir. Daha uzun süreli saklanması konusunda bir talebiniz var ise lütfen belirtiniz.
Sekans Formunun Doldurulması:
  • Sekans formundaki tüm bölümler doğru bir şekilde doldurulmalıdır.
  • Formda belirtilen örnek isimleri tüplerin üzerindeki isimler ile tutarlı olmalıdır.
  • Referans dizi sağlanamaması durumunda sekans tipi olarak NextGen-De novo seçilmelidir.
Sonuç Formatı:
  • Yapılan çift yönlü okumalar gönderilen referans dizi üzerinde birleştirilerek gönderilmektedir. Gönderilen dosyaların büyüklüğünden dolayı sonuçlar CD’ye yazılarak adresinize gönderilmektedir.

Ion Torrent PGM ve MiSeq yeni nesil sekanslama platformları kullanılarak laboratuvarımızda şu servisler sağlanmaktadır:

Amplikon Sekanslama
Hedefe Yönelik Sekanslama ( Targeted Sequencing)
Hedefe yönelik sekanslama tüm genom sekanslamaya hızlı ve uygun maliyetli bir alternatifdir. Ion AmpliSeq™ teknolojisi araştırmacıların örneklerine ait 10 ng DNA’dan binlerce hedefi aynı anda hızlı ve basit şekilde çoğaltarak sekanslamasını sağlar.
Küçük RNA ve miRNA sekanslama
Son teknoloji Ambion® RNA teknolojisi ile ulaşılabilir Ion Torrent™ yeni nesil dizileme birleşimi, laboratuvarlara küçük RNA’ ları daha fazla araştırma ve keşfetme imkanı verebilir.
Virüs Tiplendirme
Ion PGM™ sistem ile uyumlu PathAmp™ FluA sarfları ve Pathogen Analyzer Plugin for Torrent Suite™ yazılımı araştırmacılara kısa sürede influenza A tiplendirme imkanı sunmaktadır.
Mikrobiyal Sekanslama
Artırılmış verimi, yüksek doğruluk, ve uzun okuma özelliğiyle Ion PGM™ sistemi spesifik hastalık tipleri, sürveyans, salgın, ve hastalık etiyolojisini resropektif örneklerden analiz imkanı verir.
De Novo Sekanslama
Ion Torrent™ yarı iletken sekanslama mikrobiyal araştırmalar için de novo sekanslamada düşük fiyatlı hızlı hizmetler sunar.
Bakteri Tiplendirme
The Ion PGM™ sistemi hızlı, ucuz bir şekilde yüzlerce gen kullanarka tüm genom dizi bizi bilgisini her bir türün yüksek doğruluk ve ayrım gücü ile tiplendirilmesine olanak verir.