Moleküler Biyoloji Hizmetleri

Primer Tasarımı

Primer tasarımı için sıklıkla başvurulan Primer-Blast ve OligoAnalyzer gibi iki önemli uygulamayı kullanmaktayız. PrimerBlast ile istediğiniz koşullara göre primerlerinizi tasarlıyabilir ve primerlerinizin ne kadar hassas ve doğru bir şekilde hedeflenen bölgeye bağlandığını kontrol edebiliriz. Çoğaltmak istediğiniz bölgenin FASTA dizisini ya da aksesyon numarasını girerek referans değerlerle en iyi primerlerinizi tasarlıyoruz. Diziyi elde etmek için genellikle güvenilir olarak kabul edilen iki kaynaktan faydalanılmaktadır: UCSC ve NCBI. Diziyi girdikten sonra PCR ürün büyüklüğü, tasarlanacak primer sayısı, primer erime sıcaklığı, veritabanı, organizma gibi temel seçeneklerle ideal primerlerinizi tasarlanmaktadır. Primer-Blast sayesinde sadece qPCR için primer tasarımı değil konvensiyonel PCR (RT-PCR) için de primerlerinizi tasarlayabilmekteyiz. Bunu yapmak için de ekzon-ekzon bölgesini içine alacak tasarım seçeneğini kullanıyoruz. RT-PCR için primerleri tasarladıktan sonra primerlerin genomik DNA’ya bağlanıp bağlanmadığını da yine Primer-Blast sayesinde kontrol edebiliyoruz. UCSC’ nin In-Silico PCR uygulamasını kullanarak ise primerlerin hangi bölgeyi çoğalttığını görebilmekteyiz. Primerlerin saç tokası ya da dimer yapıp yapmadığını anlamak için ise OligoAnalyzer adlı bir uygulamayı kullanıyoruz. Dizinizi uygulamaya girdikten sonra hedef çeşidini, oligo konsantrasyonunu, sodyum ve magnezyum konsantrasyonunu uygun değerler ile doldurduktan sonra olası saç tokası ve dimer oluşumlarını kontrol ediyoruz. Bu sayede size en kaliteli primerleri tasarlamış oluyoruz.

Prob Tasarımı

Nükleik asid dizilerini belirlemek, mikroorganizmaları tespit etmek ve bulaşıcı, kalıtsal hastalıkları teşhis etmek için prob tasarımı hizmeti veriyoruz. Tasarım yaparken amacınıza göre probu gen ya da oligonükleotid prob olarak belirliyoruz. Gen problarını 500 bazdan fazla olacak şekilde tasarlıyoruz ve tüm hedeflenen gen için tasarlamaya özen gösteriyoruz. Gen probları oluşturmak için, eğer spesifik bir klon mevcutsa klonlanmış probları kullanıyoruz ya da DNA dizisi bilinmiyorsa dizilenmesi için klonlama yapıyoruz. Gen probu tasarlamak için Polimeraz zincir reaksiyonunu (PCR) kullanıyoruz. GenBank, EMBL, DDBJ gibi veritabanlarından genin tüm dizisini elde ettikten sonra tüm geni ya da gen parçalarını çoğaltmak için primerler tasarlıyoruz. Restriksiyon enzimine, elektroforeze ve DNA parçalarının vektörden ayrılmasına gerek duyulmadığından, gen PCR ile çoğaltıldığında önemli derecede zamandan kazanç sağlanılabilir. Fakat, PCR çoğalması spesifik olmayan bandlar verirse spesifik olan bandı prob olarak kullanıyoruz.

Oligonükleotid problarını ise gen içindeki spesifik dizileri hedeflemek için kullanıyoruz. En yaygın oligonükleotid problarını 18-30 baz olarak oluşturuyoruz ve gerektiği taktirde 100’ den fazla baz içeren oligonükleotid problarını verimli bir şekilde oluşturabiliyoruz. Oligonükleotid probların en önemli özelliği hedef dizilerine kusursuz bir biçimde bağlanmalarıdır ve yeterince uzun olduklarından koşulların uygun olduğu ortamlarda benzer dizilere bağlanma olasılıkları bir hayli düşüktür. Bu sayede, küçük farklılıklar içeren ve oldukça korunmuş olan DNA dizilerini tespit etmeyi amaçlıyoruz. Lakin, gen problarının oligonükleotid problardan daha fazla hassasiyete sahip olduğunu vurgulamak istiyoruz çünkü gen probları daha uzundur ve gen problarına dahil edilebilecek prob molekülü başına tespit edilebilir grup sayısı oligonükleotidlerininkine göre daha fazladır. İster gen probu ister oligonükleotid probu olsun dilediğiniz koşullara göre en uygun probu tasarlayabileceğimiz konusunda kendimize güveniyoruz ve sizlere en iyi hizmeti vermeyi amaçlıyoruz.

Biyoinformatik Hizmetler

Biyoinformatik hizmetlerimiz kapsamında mikro-çip veri analizini ve yeni nesil dizileme analizini yapmaktayız.

Mikro-çip Veri Analizi
Analizin ilk kısmında kalite kontrolü yapıyoruz ve analizleri etkileyebilecek istatistiksel problemleri hesaba katarak bir ön-işleme yapıyoruz. Ön-işleme sürecinde resim kantifikasyonu, arka plan düzenlemesi, normalizasyon, transformasyon, filtreleme gibi prosedürleri takip ediyoruz. Ön-işlemenin kontrolü açısından scatter grafiği, seviye grafiği, box grafiği, PCA grafiği çiziyoruz. Ön-işlemenin ardından datayı anlamlandırmak üzere t-test, ANOVA, korrelasyon gibi temel istatistiki analizleri, ekspresyon seviye dağılım grafikleri, ortalama sinyal scatter grafiği, bar grafiği, p-değeri grafiği, volcano grafiği, hiyerarşik kümeleme, k-means kümeleme, annotasyon, gen fazlalaştırılması, yolak analizi, ağ analizi yapmaktayız.
Yeni Nesil Dizileme Analizi

Mikro-çip veri analizinde olduğu gibi yeni nesil dizileme veri analizinde de ilk olarak kalite kontrolü yapıyoruz ve veri filtrelemesi yapıyoruz. Ön-işlemeyi yaptıktan sonra dizinin referans bir genomla kıyaslamasını yapıyoruz. Bu süreç içerisinde splice bölgelerini tespit edebiliyoruz. Alternatif splice bölgelerinin bulunmasını da yine analizlerimiz sayesinde gerçekleştirebiliyoruz. Dahası, örneklerdeki gen ekspresyon miktarının ölçülmesini ve örnekler arası gen ekspresyonu farklılıklarını gözlemleyebiliyoruz. Kanser gibi genom düzenlemelerinin olduğu hastalıklarda füzyon ve ya translokasyon gibi anormal genetik modifikasyonları tespit edebiliyoruz. Son olarak, yeni nesil dizileme sonuçlarının annotasyonunu, fonksiyonel ve yolak analizlerini yapabiliyoruz.

Biyoinformatik analizlerimiz için R programlama dilini ve DNASTAR yazılımını kullanmaktayız. DNASTAR için bir parantez açmak gerekirse, firma biyoinformatik alanında kurulmuş ilk oluşumlardan biridir ve biyoinformatik alanında, özellikle sekans analizi konusunda, en çok kullanılan yazılımlardan biri olan DNASTAR’ ı geliştirmiştir. Amerika Birleşik Devletleri’ nde bulunan DNASTAR firması ile ortak çalışmalar yapmaktayız ve Türkiye distribütörüyüz

Primer optimizasyonu

Gradient PCR

RNA izolasyonu

cDNA sentezi

RT-qPCR hizmetleri

Sentegen gen ekspresyon analizi için, RNA ekstraksiyonu, qPCR primer dizaynı ve validasyonu, qPCR reaksiyon optimizasyonu ve iç kontrollerle birlikte örnek normalizasyonlu komple veri analizini içeren gen kopya sayısı belirlenmesi için hızlı ve güvenilir bir RT-PCR hizmet vermektedir (q-PCR veya kantitatif PCR hizmetleri). qPCR ile gen ekspresyonunun nispi ve mutlak analizi, herhangi bir organizma içinde bilinen genler için kullanılabilir.