Primer - Oligonükleotit



Primer Sentezi

Sentegen dünyanın en gelişmiş yüksek işlem kapasitesine sahip DNA sentezleyici ve saflaştırıcı sistemleri ile çok yüksek kalitede dünya standartlarında otomatik primer sentezi gerçekleştirmektedir. Yüksek işlem hacimli sistemlerimiz, ülkemizin yıllık oligo karşılayabilecek hacimdedir. Sentegen, oligo üreten firmalar arasında rekabetçi kalite ve fiyatlara sahiptir. Aynı gün içerisinde teslimatı ile hızlı ve uygun fiyatlı yüksek kalitedeki primerlerimiz araştırmacılarımızın ve doktorlarımızın hizmetine sunulmuştur.

Laboratuvarımıza yeni kazandırılmış olan Biolytic (ABD) marka Dr. Oligo™ DNA/RNA sentezleyici 96 ayrı oligoyu aynı anda >99,95% verimle sentezleyebilme kapasitesine sahiptir. Laboratuvarımızda Dr. Oligo™ ile standart olarak 25nmol, 100 nmol ve 200 nmol ölçekte 125 baz uzunluğa kadar oligo sentezi rutin olarak yapılmaktadır. Ayrıca sentezlenmiş olan oligoları Dr. Oligo™Processor ile tam otomatik olarak organik tuzlardan arındırma (desalting) ve DMT-ON (Oligonucleotide Purification Column (OPC) ile Reverse Phase (RP)-HPLC grade) saflaştırma rutin olarak yapılabilmektedir. İsteğe bağlı olarak PAGE ve HPLC saflaştırma hizmeti de verilmektedir.

Firmamızın sunduğu HPLC saflaştırma işlemini primerler için standart haline getirmiştir. senteligo™ markası ile satılan bu primerler yüksek kaliteye sahiptir.


senteligo™

200 nmol ölçekte HPLC kalitedeki primer ürünlerimiz senteligo™ markası ile sunulmaktadır. senteligo™ primerleri "Waters: Acquity UPLC” marka sistemleri ile HPLC saflaştırılmış primerleridir.


senteligo™ faydaları:
  • Yüksek Kalite
  • HPLC saflaştırma
  • Rekabetçi fiyat
  • Hızlı teslimat
  • Garantili

Teslim ve Saklama Koşulları

Saklama Koşulları Sıcaklık Maksimum Depolama Süresi
Liyofilize -200C < 1 yıl
Liyofilize Oda sıcaklığı 1 ay’a kadar
Solüsyon içerisinde -200C < 6 ay
Solüsyon içerisinde Oda sıcaklığı 1 hafta’ya kadar

Saflaştırma olarak standart saflaştırma, OPC ( RP- HPLC grade), PAGE ve IO-HPLC seçenekleri mevcuttur. Her bir primer için standart saflaştırma olarak desalting işlemi gerçekleştirilir ve primerler istenmeyen tuzlardan arındırılır. Ankara içi siparişlerde müşteri isteğine bağlı olarak primerler liyofilize edilmeden 100 µM konsantrasyonda normalize edilmiş stok şekilde soğuk zincirde teslim edilir. Kurutma öncesinde primerlerin OD ve A260 değerleri hesaplanır ve stok için gerekli TE ya da H2O miktarı belirlenir, bu bilgiler rapor haline getirilerek müşteriye ürün teslimi sırasında verilir. Liyofilize olarak teslim edilen primerler oda sıcaklığında saklanabilir. Sulandırılan primerler saklama koşulları -20 0C dir. Primerlerinizi uzun süreli saklamak için TE Buffer ile çözünüz ve stok primerlerinizi don-çöz yapmayınız, kullanacağınız kadar seyreltip bölünmüş porsiyonlar (aliquot) halinde muhafaza ediniz.

Garanti Koşulları

Primerleriniz Sentegen firması garantisi altındadır. Sentezlenen primerlerimiz 3 ay garantilidir. İstenmesi halinde 3 ay içerisinde tekrar sentezlenebilir.15 baz altı ve 40 baz üzeri primerler garanti kapsamında değildir. Yanlış baz dizisi siparişi ve teslim sonrasında saklama koşulları sağlanmaması durumunda garanti kapsam dışı kalır.

Garantinin geçerli olduğu koşullar:
  • Primerlerinizin daha önce çalıştığını bildiğiniz primerler olması.
  • Uluslararası makalelerde yayınlanmış primer dizileri olması.

Kalite Kontroller


Sentezlenen primerler rutin olarak agaroz jel elektroforezi ve PAGE ile yürütülerek primerlerin tek bant üretildiğinden emin olunur. Ayrıca PCR ve gen sentezi deneyleri kapsamında denenerek kalite kontrolleri yapılmaktadır. Rutin olarak her oligo üretiminde çeşitli deblok aşamalarında tritil analizleri yapılarak üretim verimi kontrol edilir. Sentez sonucu elde edilen oligoların OD 260 ve OD 260/230 değerleri NanoDrop spektrofotometre ile ölçülerek bir rapor olarak sunulur. Aylık LC-MS analizleri ile kalite güvencesinin sürdürülebilir olması sağlanır.

Sipariş Formu

Siparişleriniz için formu indirerek eksiksiz doldurup order@sentegen.com a gönderebilirisiniz.

Primer sipariş formu Prob sipariş formu


Sentez Takvimi

40 baz ve altı olan primlerin takvim tablosu
PZT ÇAR PER
10:00  
25nmol
10:00  
25nmol
 
16:00  
100nmol
16:00  
100nmol
16:00  
200nmol
  • Sentez günlerimiz her haftanın Pazartesi, Çarşamba ve Perşembe günleridir.
  • 100 nmol sentez günlerimiz her haftanın Pazartesi ve Çarşamba günleri saat 16.00'da başlamaktadır..
  • 25 nmol sentezimiz Pazartesi ve Çarşamba günü 10.00'da başlamaktadır. 
  • Pazartesi ve Çarşamba sentez saatinden önce verilen 25 nmol ve 100 nmol skaladaki standart saflaştırılmış 40 baz altı uzunluktaki oligo siparişleri ertesi gün saat 16:00 da hazırlanmış olur.
  • 200 nmol sentezimiz ise Perşembe günü saat 16.00'da başlamaktadır
  • 40 baz ve üzeri oligolar Pazartesi ve Çarşamba dışındaki günlerde sentezlenir.
  • 40 baz üzeri primerler için HPLC yada OPC saflaştırma önerilmektedir. Aksi halde garanti kapsam dışı kalır.
  • Siparişleriniz sipariş sırasına göre üretime alınır. O günkü sentezin hacmi doldu ise siparişiniz bir sonraki senteze kaydırılır.
  • 40 adet oligo ve üzeri siparişler toplu sipariş olarak değerlendirilir. Teslimat süresi için lütfen bize ulaşınız.

Kullanım alanına Göre Oligonükleotit skala ve Saflaştırma Seçim Tablosu

  Desalted
40 baza kadar
OPC (RP-HPLC Grade)
60 baza kadar
HPLC(IO-HPLC)
100 baza kadar
25 nmol PCR - -
100 nmol PCR, RT-PCR PCR, Sekans, RT-PCR, Yeni Nesil Dizileme, Microarray -
200 nmol PCR, RT-PCR PCR, Sekans, RT-PCR, Yeni Nesil Dizileme, Microarray Sekans, RT-PCR, Aptamer
senteligo™ - - PCR, Sekans, RT-PCR, Yeni Nesil Dizileme, Microarray

Garanti OD Miktarları

Garanti OD miktarları
Skala 25nmol 100nmol 200nmol 200nmol + HPLC
Garanti - min OD 2 OD 6 OD 12 OD 6 OD

  • 15 baz altındaki siparişler 15 baz olarak faturalandırılmaktadır.
  • 6 primer ve üzeri siparişlerde kargo ücreti(8 TL) alınmaz.
  • Fiyatlarımıza %18 KDV dahil değildir.
  • Yıllık ve toplu alımlarda uygun fiyatlar için lütfen bizimle iletişime geçiniz. 0312 265 06 62

Aynı Gün Teslim Primerler

Sık kullanılan (universal) primerler stoklarımızda olup sipariş verildiği gün teslimatı yapılmaktadır. Aynı gün teslimat yapılan primerler 25 nmol, standart saflaştırma ürünü olup listesi aşağıda verilmiştir:

  • 16s rRNA F
  • 16s rRNA R
  • M13 F (-41)
  • M13 R (-48)
  • T7 Promoter
  • T7 Terminator
  • GAPDH F
  • GAPDH R
  • β-Actin F
  • β-Actin R

Genel Bilgi

Oligonükleotitler kısa DNA zincirleridir. Oligonükleotidler (primerler) PCR gibi birçok moleküler çalışmada ve genetik manipülasyonda kullanılır. Ayrıca DNA'da bulunan mutasyonları saptamak ve DNA zincirindeki baz dizilimini belirlemek için kullanılır.

Sentegen sizin için uygun fiyata moleküler biyoloji çalışmalarında kullanılabilecek olan nükleotid dizilerini sentezler. Üretilen primer dizileri kalite kontrol testlerinden geçirilir.

Oligo nükleotit sentez prosesi tetrazol katalizi ile fosforamidit monomerlerinin blok şeklinde inşasına dayanır. Fosforamidit normal bir nükleotittir fakat trityl gibi koruma grubu içerir , bu gruplar reaktif amine , hidroksil, ve fosfat gruplarına eklenir. Bu koruma grupları istenmeyen yan reaksiyonlar oluşmasını engeller ve istenen ürünün oluşmasını sağlar. Bu koruma grupları sentez prosesi tamamlandıktan sonra kaldırılır. İlk fosforamidit molekülü 3' ucundan katı bir yüzeye tutturulur ve sentez inşası 3' ucundan 5' ucuna doğru yapılır. Katı yüzey korumalı nükleotitlerin bağlandığı delik ve kanalları içeren 5 mikron büyüklüğünde kontrollü porlu cam kürecikleridir.

Fosforamidit sentezi 3' tutturulmuş nükleotite 4 aşamalı seri turların tekrarlanması ile olur ve sıradaki nükleotitin 5' ucunun tutunması ile tamamlanır. Bu aşamalar: deprotection, coupling, capping ve stabilization aşamalarıdır.


Primer purifikasyon yöntemleri:

Bu bölüm yapacağınız uygulama için en uygun arıtma yöntemini seçebilmeniz için hazırlanmıştır.

Oligo sentezi sırasında, her nükleotid artan zincirine ardışık olarak eklenir. Her bir birleştirme döngüsünde, oligo zincirlerinin küçük bir yüzdesine nükleotid eklenememektedir. Bunun sonucunda tam uzunlukta oligolardan ve kısa dizilerden oluşan bir karışım elde edilir.

Oligo üretimi sırasında destek kısımlarının ayrılması ve koruyucu grupların çıkarılması ile artıklar oluşur. Bu artıklar purifikasyon ile temizlenir.

Genel olarak, belirli bir uygulama için gerekli saflık kısa dizilerin varlığındaki oluşabilecek potansiyel problemlere bağlıdır. Bazı uygulamalar için, sadece tam uzunlukta (n) oligo mevcut olması çok önemlidir. Diğerleri için, daha kısa oligoların (n-1, n-2, ...) varlığında, deneysel sonuçlar etkilenmez.

Desalting
Sentegen tarafından üretilen oligonükleotidler desalting yöntemiyle purifiye edilir. Desalting işlemi sırasında sentez sırasındaki yan ürünleri ve kalıntıları temizlemek için kullanılır.İstenilen uzunluktaki oligoların ezici çoğunluğu kısa dizilere karşı ağır basar. 35 baz ve daha kısa oligolar için, PCR uygulamalrında kullanıcak oligolar da dahil olmak üzere birçok uygulama için bu yöntem kullanılabilir.
PAGE
PAGE ayırma tekniğinin temeli yük/moleküler ağırlık oranına göre olmaktadır. Bu yöntem ile uzunluk ayrımı yapılabilmektedir. Saflık miktarı % 95-99 oranına ulaşmaktadır. PAGE yönteminden elde edilen miktar diğer arıtma yöntemlerine göre daha düşüktür. Bu saflaştırma metodunda istenilen uzunluktaki oligoları, kısa oligolardan ve artıklardan arındırmak için oligoları jelden elde etmek gerektir. Bu yöntem yüksek saflıkta oligonükleotid kullanılması gereken deneyler için önerilir. PAGE yöntemi 50 bazdan uzun oligolar için tavsiye edilir.
OPC
OPC yöntemi ile hatalı sekanslar, yan ürünler, kirlilikler elenir. Bu yöntem ile elde edilen primerler sekans, PCR, hibridizasyon probları için ce gen sentezi için kullanılabilir. 70 Baz uzunluğundaki nükleotidlere kadar OPC purifikasyonu tavsiye edilir.
HPLC Reverse-phase

Ayırma yönteminin temeli istenilen uzunluktaki ürün (5'-DMT grubu içeren) ve kısa diziler (DMT grupları olmayan) arasındaki hidrofobik farka dayanmaktadır. İstenilen uzunluktaki DMT oligo kolon üzerinde muhafaza edilir iken, kısa diziler yıkanır.Daha sonra DMT parçalama metodu ile, beklenen ürün elde edilir.

Floroforlu oligoların saflaştırılması için verimli bir yöntemdir. Floroforların lipofilik özelliği sentez sonrası oluşan kirliliklerin ayrılması için mükemmel bir ortam oluşturur. Ayrıca, RP-HPLC büyük ölçekler tercih edilen bir yöntemdir. Lipofiteye dayalı ayırma oligo uzunluğunu azaltacağı için 50 baz üzerindeki oligolar için tavsiye edilmez. Fakat 80 baza kadar saflığı ve miktarı azalarak purifikasyon yapılabilir